阿里山山椒魚吻肛長大約5-6公分，全長大約10公分。體背部色調單一，通常為深褐色或暗紅褐色，但少數個體在背面會出現少量白色點狀斑。前肢具4趾，後肢通常為5趾。眼後可見一對腮腺，無外耳孔，體側肋間溝明顯。體表腺體發達，受驚擾時會分泌白色黏液，尾巴不會自割。夜行性，白天大多在石塊、腐木之下或土中休息，主要食物為鼠婦、步行蟲及蚯蚓等小型無脊椎動物。

主要分布於阿里山及玉山山系，往南達北大武山 (北大武山之阿里山山椒魚亦為全世界山椒魚科在緯度分布上之南限)。在海拔範圍上，主要分布於約1800-3650公尺間。